Fundamedios debutó en el Sistema Interamericano de Derechos Humanos en marzo de 2010 presentando ante la Comisión Interamericana información sobre la situación general de la libertad de expresión y los riesgos que enfrentaba el ejercicio periodístico en el país. Esta fue la primera de más de diez participaciones en audiencias y reuniones de trabajo de las que ha formado parte Fundamedios defendiendo las libertades de expresión, prensa y asociación. Destaca, entre todas, la audiencia del 25 de octubre de 2011 en la que el Gobierno de Ecuador desplegó a Washington D.C. una delegación de más de 45 altos funcionarios, encabezados por el entonces Canciller Ricardo Patiño, para confrontar a defensores y periodistas que presentaban a los comisionados datos y casos relevantes.
La participación de la organizaciónen en el Sistema Universal de Naciones Unidas ha sido frecuente . Fundamedios ha sido constante en el envío de información a los mecanismos y procedimientos especiales, informando sobre la situación general y casos emblemáticos que afectan las libertades fundamentales. En el 2012 Fundamedios participó activamente en el segundo Examen Periódico Universal de Ecuador logrando 24 recomendaciones sobre libertad de expresión, de 18 estados de todo el mundo. En el 2016 participó del examen especial que realizó el Comité de Derechos Humanos de Naciones Unidas que emitió importantes recomendaciones respecto a los derechos que promovemos y defendemos.
La acción permanente de Fundamedios en el ámbito internacional ha logrado además importantes pronunciamientos de los principales organismos de Derechos Humanos y sus relatores, así como de organizaciones internacionales como Human Rights Watch, Amnesty International, Freedom House, Sociedad Interamericana de Prensa, Alianza Regional por la Libre Expresión e Información, Intercambio Internacional por la Libertad de Expresión – IFEX ALC, entre otras.